1898-ci ilin fevralında Şəkiyə getdim. Buradakı məscid məktəbində bir neçə il yenə müəllimliyə məşğul oldum. Bu səfər məktəbin köhnə proqramını yavaş-yavaş, gözə çarpmayacq şəkildə dəyişdirdim.

Müfəttişin gözünə pərdə çəkmək üçün dərs cədvəlində Quran, təcvid, elmi-ilahi kimi dini dərslərin sayını artırdım. Lakin həqiqətdə bunların tədris miqdarını azaldıb yerlərini hesab, tarix, coğrafiya və dil dərslərinə verdim. Bu dəfə tədrisin ən birinci məqsəd və tələbi fənni dərslər idi. Beləliklə, məscid məktəbi tələbələrinin bilikləri şəhər məktəbi tələbələri ilə yarışa çıxacaq müsbət dərəcəyə qədər qaldırıldı. Bu dərslər hərçənd müsbət elmlərin ən səthi və ibtidaisi idi, lakin bunların məscid məktəblərindəki rolları çox böyük və əhəmiyyətli idi. Çünki bunlar tələbənin düşüncəsində az-çox oyanıqlıq, gələcək həyatlarında bir hazırlıq vücuda gətirirdi. Buna görə idi ki, bu məktəbi qurtarıb çıxan tələbələrin bir qismi burada aldıqları məlumatın gələcək tədris və həyat üçün ancaq bir əlifba ola biləcəyini düşünərək daha böyük məktəblərə getmək həvəsinə düşdülər.

Şəki artıq vaxtın istədiyi maarif yoluna girməyə, fanatizmdən, köhnə adət zəncirlərindən az-çox qurtarmağa başlamışdı. Bu sıralarda məscid məktəbi məscid hədəfindən, möminlərin keflərinə tabe olmaqdan uzaqlaşıb məscid məktəbi pərdəsi altında milli, əsrin kiçik bir ürfan ocağı halına düşməkdə idi.

Məktəbin maddi, mənəvi ehtiyacı, tərəqqi və davamı isə təmin edilmişdi. Buna görə burada da uzun zaman qalmaq istəmədim. İki il qabaq Tiflisdə tapa bilmədiyim türk mədəni, milli işlərini tapmaq və oradakı mətbuatda işləmək üzrə Bakıya getdim.